他选择安平作为自己的根据地是经过深思熟虑的。安平镇和在他控制下的厦门岛（中左所）、大小金门岛，构成了一个严密的控制下的围头湾。敌人要进攻这里，都要冒极大的风险。
郑芝龙把安平的城墙做了大修，几乎重筑了一座新城。安平成为郑芝龙拥兵自守的军事据点和合贸易基地‖日本、台湾进行贸易的船只都由这里出入。荷兰人称这些商船为“安海船”。
除了修筑城墙，疏浚码头，自身的享受也没有落下。从崇祯三年春天开始，郑芝龙在安平大规模的修筑自己的府邸♀座豪华的府邸，历时3年又2个月才告峻。
根据《嘉庆赤店乡土志》载：郑府位于安平桥以北，西从西埭抵西港。北达西垵头，南临安平桥头，直通五港口岸，占地138亩。主构为歇山式五开间十三架。三通门双火巷五进院落旁翼堂、楼阁，亭榭互对，环列为屏障。东有“敦仁阁”，西有“泰运楼”，前厅为“天主堂”，中厅为“孝思堂”，规模宏耸。大厝背后辟有“致远园”。周以墙为护，疏以丘壑、亭台、精舍、池沼、小桥、曲径、佳木、奇花异草。
此时此刻，这座豪华的宅邸还在紧锣密鼓的施工中，郑芝龙和他的家眷，暂且寄居在安平镇的一处较小的宅邸内。
郑芝龙此时正在自己的内签押房中。元老院的尽管对此人念念不忘，但是很少有人注意到，郑芝龙的年龄并不大：他是1604年生人，1631年的时候他才只有二十八岁≌思齐死后他接收了颜的旧部。当时不过二十一岁。如果放在旧时空，那就是地地道道的“青年才俊”、“十大杰出青年”之类。
1631年的郑芝龙，已经消灭了他的大多数合对手：包括一度几乎将他逼入绝境的李魁奇。彻底控制了对日贸易，迫使以前的雇主，合马车夫荷兰人按照他的条件进行贸易。此时他坐拥威震中国海的庞大船队，垄断着对日本和台湾的贸易：“日进斗金”，“富可敌国”这些词放在他的身上毫不夸张。地地道道的大明“高富帅”。――郑芝龙还是个眉目清秀的美男子。
他手中舀着一封文书。
文书是几天前从台湾回来的一艘郑家商船带来的〈信的人是郑芝龙在台湾的代理人：郭怀一。
郭怀一的身份是台南的汉人移民的首领。从表面看，他只是当地的移民村落油车行村的村长而已〉际上郭怀一曾经是郑芝龙的部下，是他留在台南的一着闲棋。
郑芝龙的发迹和继承颜思齐的遗产有很大的关系。而台湾的势力也是颜思齐留下的遗产之一。
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